Niektóre aplikacje wymagają, aby, dla potrzeb kontroli licencji, urządzenia zabezpieczające przed kopiowaniem (tzw. dongle), podłączane do portów równoległych, szeregowych czy USB, były dostępne dla maszyny wirtualnej. Inne wymagają dostępu do numeru seryjnego fizycznego CPU, ale istnieją też schematy wykorzystujące inne specyficzne cechy sprzętu w celu kontroli licencjonowania aplikacji.

Niezależnie od używanego sposobu, licencjonowanie aplikacji wprowadza spore komplikacje do wdrażanej infrastruktury wirtualizacji.

Używanie dongles będzie ograniczać funkcjonalność serwera dopuszczającą migracje pracujących maszyn wirtualnych z hosta na host za pośrednictwem vMotion. Ich stosowanie zwiąże w efekcie maszynę wirtualną ze specyficznym hostem. Można to obejść stosując rozwiązanie, które prezentuje maszynie wirtualnej port szeregowy czy USB jako urządzenie działające w oparciu o IP. Jednak nie wszystkie serwery wirtualizowane dopuszczają dostęp do portów USB hosta. Niewiele też można zrobić dla aplikacji, które wymagają dostępu do portów równoległych, z wyjątkiem przypisania maszyn wirtualnych do konkretnej maszyny.

Niestety, nie ma możliwości uzyskania dostępu do identyfikatora CPU przez maszyny wirtualne wykorzystujące VMware Virtual Infrastructure, tak więc aplikacje, które takiego dostępu wymagają nie zadziałają na tej platformie.

W niektórych przypadkach możliwe jest wykorzystanie dla celów licencjonowania adresu MAC, jednak ta metoda powinna być zaniechana, ponieważ zmiana tego adresu w wirtualnej karcie sieciowej - i tym samym uzyskanie lub zablokowanie dostępu do licencji to sprawa trywialna.

Dostawcy oprogramowania powinni zmienić sposób licencjonowania pracy programów i używać rozwiązań licencyjnych nie opierających się na sprzęcie, które dużo łatwiej można wykorzystać w środowisku wirtualnym. Powinno się także używać kryptografii do zabezpieczania, aby procedury licencyjne nie mogły być łatwo pomijane.

W stanie obecnym proste dodanie schematu licencji oprogramowania, które ma działać w ramach infrastruktury wirtualnej, może generować znaczące, dodatkowe koszty powiększające całkowite koszty aplikacji. Jest to więc ważny powód, aby przed wdrożeniem środowiska wirtualnego przyjrzeć się dokładnie aplikacjom, które mają w nim działać.